Entre 1.824 y el 27 fue jefe del
Batallón Quito formado por sujetos de esa capital. El 10 de octubre de 1.825
recibió la Medalla del Busto del Libertador decretada por el Congreso Nacional
peruano a los más importantes próceres de la independencia. En 1.826 ascendió a
Coronel graduado. El 27 fue pintado por Antonio Salas para la galería de
retratos de próceres de la independencia que mandó a confeccionar el General
Juan José Flores.
Sáenz
fue elevado a Coronel efectivo en el campo de Batalla en el Portete el 27 de
febrero de 1829 y en octubre Bolívar lo ascendió a General de Brigada y Prefecto
de Quito. Con tal dignidad encabezó el 13 de Mayo de 1.830 el Acta de
Separación del Distrito Sur de la Gran Colombia y al día siguiente se trasladó
a Pomasqui a Juramentar a Flores como Jefe Civil y Militar del nuevo Estado.
Por entonces se llevaban muy bien. Sáenz tenía a cargo las obras de refacción
de la quinta "El Placer" de propiedad de Flores.
Mientras tanto el General Rafael
Urdaneta habíase proclamado en Bogotá a nombre del Libertador pidiendo su
inmediato regreso. Con tal fin despachó a su hermano Luis a Guayaquil a que
soliviantare a las nuevas autoridades y las vuelva otra vez a Bolívar, a tiempo
que Sucre viajaba a toda prisa a sostener la unidad. Parecía que la vuelta a la
Gran Colombia estaba próxima. Así lo pensó el Vicepresidente ecuatoriano José
Joaquín de Olmedo que en noviembre apoyó a Urdaneta quien designó delegados
ante el Encargado del ejecutivo Dr. José Fernández-Salvador y López, suegro de
Sáenz y miembro de la camarilla floreana que detentaba el poder.
La
revolución de Luis Urdaneta dejó claramente establecido que los firmantes del
Acta Separatista del 13 de Mayo de 1.830 lo hicieron en su mayor parte movidos
por algún compromiso o por el afán de figuración política, más no por
convicciones profundas, pues algunos actuaron después a favor de la vuelta a la
Gran Colombia, como fue el caso del General Sáenz, considerado el más
importante General quiteño de este tiempo. El 20 de abril de 1834, ya durante la primera presidencia de
Flores, entró
por el páramo de El Ángel y arribó a la hacienda Santa Rosa de su amigo
Valdivieso para caer por sorpresa sobre la población de Tabacundo donde hubo un
leve cruce de disparos. Le acompañaban doscientos paisanos inexpertos en los
gajes de la guerra pero dispuestos a enfrentar a las tropas regulares del
general Antonio Martínez Pallares.
Eran las cuatro de la tarde del día 21
de abril de 1.834 y todo se había perdido. Sáenz desmontando de su caballo y en
el suelo ordenó a su ayuda de campo que levantare bandera blanca de rendición.
Tomado prisionero, permaneció cosa de un cuarto de hora hasta que un oficial de
apellido Cárdenas ordenó su ejecución, ignorándose si fue ajusticiado a
puñaladas o lanceado o si por el contrario lo sometieron a la pena de
fusilamiento. El tal Cárdenas moriría pocos días después cerca de Otavalo en un
encuentro furtivo con fuerzas revolucionarias, pagando su crimen. Poco después
se produjo la batalla de Miñarica que llevó a Rocafuerte al poder tras su pacto
con Flores, volviendo todo a su estado original; Manuela Sáenz fue obligada a
salir al destierro de Paita por peligrosa para la tranquilidad del país, debido
a que según se creía, volvía para vengar la muerte de su hermano. (Rodolfo Pérez Pimentel).
